El virreinato del Perú
El tercer virrey del Perú, Don Francisco de Toledo, llegó a Lima en 1569 y gobernó hasta 1581, estableciendo durante este tiempo el marco político y administrativo que daría forma al virreinato. Así, durante su gobierno se estableció el sistema de la mita colonial, que consistía en el tributo que los indios pagaban con su propio trabajo en las minas de oro y plata, en los obrajes, o en la construcción. Toledo también estableció las reducciones indígenas, en las que se agrupaban a unas 500 familias; esto se hizo para llevar un mejor control de los tributos que cada comunidad debía pagar.
El virreinato del Perú alcanzó una gran extensión con los nuevos territorios conquistados; así, Lima era responsable de las Audiencias de Panamá, Nueva Granada, Quito, Lima, Charcas, Santiago y Buenos Aires. Esta situación duró hasta 1717, cuando se formó el virreinato de Nueva Granada, que incluía lo que hoy es Venezuela, Colombia, Ecuador y Panamá. Después, en 1776, se estableció el virreinato del Río de la Plata, y los territorios que ahora son Argentina, Paraguay, Bolivia y Uruguay pasaron a formar parte de este.
Choque cultural y el poder de la iglesia
Este período de choque de culturas se caracterizó por la implantación de la cultura española, la explotación de la mano de obra indígena, y la reducción de la población indígena, que moría a causa de las nuevas enfermedades o por el excesivo trabajo forzado en las minas. La disminución de la mano de obra indígena originó la importación de esclavos negros de África, especialmente para el trabajo en las minas de oro y plata, que eran la mayor fuente de ingresos de la corona española.
El trabajo de propagación de la fe entre los indígenas fue llevado a cabo por las diferentes órdenes religiosas católicas, y fue la excusa usada para la conquista. Durante esta época, la iglesia católica llegó a tener un inmenso poder, especialmente con el Tribunal de la Santa Inquisición, que duró 250 años en Perú, desapareciendo finalmente en 1820. El resultado de la implantación de la religión católica fue el sincretismo religioso que sobrevive hasta hoy, especialmente en las comunidades alto-andinas de Perú, Bolivia, Ecuador y Chile.
Los criollos
En esta época colonial, se dio también la aparición de una nueva clase social, los criollos, que habían nacido en América de padres españoles. En algunos casos, ambos padres eran de origen español; en otros, uno de los padres era indígena y el otro español. Al inicio, los criollos no tenían los mismos derechos que los españoles. Sin embargo, durante los siglos XVII y XVIII llegaron a gozar de más libertades y fortuna, empezando a participar en la vida política, social y religiosa. Al ver este nuevo poder de los criollos, la corona española trató de quitarles estos derechos de nuevo, lo que aumentó el descontento que luego llevaría a la lucha por la independencia.