La caída del imperio inca
La llegada a Perú de los españoles se produjo después de dos viajes previos sin éxito. Para su tercer viaje, los socios Francisco Pizarro, Diego de Almagro y Hernando de Luque, un sacerdote, contaban con el permiso de la corona española, en un tratado firmado por la emperatriz Isabel de Portugal. Este tratado, llamado la Capitulación de Toledo, fue firmado el 26 de junio de 1529 y le dio a Pizarro la autorización para conquistar las tierras (que pasarían a llamarse Nueva Castilla), para evangelizar a los nativos y para contribuir a la corona de España con un quinto de todas las riquezas que hallaran.
Fue en 1531 que la tripulación española llegó a las costas de Tumbes (ciudad costeña del noroeste de Perú) y desde ahí se internó en el territorio del Tahuantinsuyo, llegando hasta Cajamarca en 1532. Allí se encontraba el Inca Atahualpa, hijo de Huaina Cápac, que en esos momentos se disputaba el trono con su hermano Huáscar, que gobernaba desde el Cuzco.
Los españoles eran pocos en número, sin embargo contaban con armas de fuego y caballos. Así, organizaron una emboscada al Inca Atahualpa cuando se presentó en la plaza mayor de Cajamarca, acompañado de su séquito. Se dice que el cura (con la ayuda de un indio que hacía de intérprete) pidió al Inca convertirse a la religión católica y someterse al rey de España. El Inca desconocía estos términos, por lo que tiró la Biblia al suelo, lo que sirvió de pretexto para el ataque de los españoles. Atahualpa fue capturado y, para conseguir su libertad, le ofreció a Pizarro llenar un cuarto con oro hasta donde llegara la altura de su mano. El cuarto se llenó con oro, pero Atahualpa nunca consiguió su libertad; los conquistadores lo asesinaron en 1533.
Desde Cajamarca, los españoles se movieron hacia el Cuzco, centro del imperio incaico, conquistando los pueblos o consiguiendo el apoyo de los señores y de los grupos que se encontraban descontentos con el sistema establecido por los incas. Esto hizo que la conquista del Tahuantinsuyo no fuera una tarea difícil para los españoles.
Entre 1534 y 1542, se creó la Gobernación de Nueva Castilla y Nueva Toledo y se fundó la ciudad de Lima (capital del nuevo territorio) con el nombre de Ciudad de los Reyes. En 1542, la región se convirtió en el Virreinato del Perú. En el mismo año, Francisco de Orellana descubrió el río Amazonas y, en 1545, se descubrieron las minas de plata de Potosí, en lo que hoy en día es territorio boliviano.
La Universidad de San Marcos fue fundada el 12 de mayo de 1551 y empezó a funcionar en 1553, convirtiéndose así en la primera universidad de América del Sur. Hoy en día, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos (UNMSM) es una de las instituciones educativas más importantes, reconocidas y representativas de todo Latinoamérica.